（一）内设机构：
办公室、规划编制管理科（城市勘测管理科）、市政工程管理科、法规监察科、规划办证管理科(行政服务中心)。
（二）派出机构
莆田市城乡规划局荔城分局、莆田市城乡规划局城厢分局、莆田市城乡规划局涵江分局、莆田市城乡规划局秀屿分局、莆田市城乡规划局湄洲岛(湄洲湾北岸)分局。
（三）直属单位
莆田市城乡规划管理信息中心、莆田市城乡规划设计研究院、莆田市城乡勘测设计研究院、莆田市建设实业总公司。
